Il 15 giugno 1795 il Granduca di Toscana Ferdinando III d’Asburgo-Lorena firma alcune importanti deliberazioni relative all’ospedale di Santa Maria della Scala: per prima cosa il Rettore Giulio Pannilini viene nominato rettore dell’Opera del Duomo e al suo posto viene eletto Giovanni d’Antonio Pieri, inoltre vengono stabiliti nuovi ordinamenti “pel buon governo e per l’economia della Casa”.
Tra i provvedimenti presi si evidenzia un tentativo di riduzione delle spese che l’ente ospedaliero si trova ad affrontare perciò vennero ridotti gli stipendi a partire proprio da quello del Rettore. Si opera anche una notevole diminuzione degli impiegati, mentre l’amministrazione dell’ospedaletto delle gravide occulte passa alla Compagnia dei Disciplinati che già gestiva anche quello detto dei Tignosi. Il seminario Soleti viene destinato alla vendita (fondato a metà Seicento grazie ad un lascito fatto all’ospedale da Federigo Soleti, lui stesso gittatello cresciuto dal Santa Maria, si prefiggeva di far studiare gli esposti che dimostravano maggiori qualità avviandoli a professioni più qualificate), viene soppressa la Libreria dell’Ospedale e donata all’Università.
Il Granduca Ferdinando III, dopo questi provvedimenti forse necessari ma che iniziano a cambiare il volto e il ruolo e l’importanza del Santa Maria della Scala, potenzia il numero e aumenta lo stipendio delle balie che accudiscono i fanciulli esposti, perché la mortalità all’interno dell’ente sta assumendo cifre preoccupanti. La crisi finanziaria, del resto, sta tediando il Santa Maria della Scala dall’inizio del Settecento causata principalmente dal crollo della produzione nelle grance e dalla mancanza di investimenti, dalla trascuratezza nella riscossione di crediti e affitti, ma anche dal numero spropositato di impiegati che porta ad esuberanti uscite in vitti e salari. Già nel 1775 era stata disposta la vendita o l’affitto di tutte le proprietà agricole (tranne le grance di Cuna e di Serre di Rapolano) per cercare di risanare il bilancio e dal 1783 tutto la gestione ospedaliera passerà completamente nelle mani granducali, fatto che determinò, appunto, la definitiva curvatura dell’ente verso la specializzazione sanitaria.